1948年10月，已就任資源委員會委員長的孫越崎利用國民黨社會部在南京召開全國總會成立大會之機，召集到會的各工礦代表到資委會本部開會，決定起義，號召大家“堅守崗位，保護財產，迎接解放，辦理移交”。會后，資委會所屬的上千個廠礦生產單位開始了驚心動魄的護廠護礦斗爭。
        
        參加護礦斗爭
        玉門油礦沒有人參加會議，但孫越崎秘密號召起義的講話不久便傳到玉門油礦經理鄒明耳中，鄒明決定追隨老長官孫越崎起義。因為鄒明與熊尚元同在動力油料廠公事，感情甚篤，便不漏聲色地將消息首先告訴了熊尚元。熊尚元決定跟隨鄒明護礦起義。

        1949年7月初，國民黨軍隊在人民解放軍的凌厲攻勢面前，只剩下西北、西南和東南幾省的地盤，最后的滅亡已指日可待。而此時盤踞在河西走廊的國民黨軍殘部也加緊策劃了破壞玉門油礦的計劃。在此形勢下，玉門油礦在經理鄒明的領導下開始了護礦工作。熊尚元站在護礦第一線全力支持鄒明。

        7月份，油礦以維護礦區秩序為名成立護礦隊，對外稱“糾察組”，熊尚元推薦煉廠工程師金克斌擔任副大隊長，大隊長為礦場工程師楊敏。隨即油礦全體員工展開了轟轟烈烈的護礦斗爭。

        煉廠在熊尚元的領導下，技術人員與工人一起，將蒸餾裂化裝置的精密儀表、熱機泵等重要設備拆下裝箱，掩藏起來，所拆設備用其他相應設備頂替，維持生產。為保護工廠不被破壞，又組織員工將美制53加侖空油桶裝上沙子、石頭，三個鐵桶疊在一起成一組，一組一組緊緊連在一起排成墻，然后用鐵條連接焊死，把煉廠嚴嚴實實地圍起來。

        8月中旬，鄒明借故到廣州向遷穗的中油公司匯報，潛入香港會見了起義的老長官孫越崎，孫越崎向他正式傳達了資源委員會南京秘密會議作出的起義決定，并告知他已與中共取得聯系。鄒明回礦后將會見情況告訴熊尚元。熊尚元極為興奮，感到護礦有了方向，心里踏實了，護礦決心也更堅定了。

        8月26日，蘭州解放，國民黨敗兵延河西走廊向新疆敗退，玉門油礦頓時處在極度危險之中。鄒明一方面爭取酒泉國民黨駐軍的支持，一方面將油礦保存的槍支全部發給護礦大隊，進行武裝護礦。

        解放軍根據孫越崎在香港的請求，解放蘭州后便向河西走廊推進。攻占張掖后，第一野戰軍裝甲部隊在三軍軍長黃新廷的率領下，披星戴月直插玉門。
9月24日夜是油礦最緊張的時刻，熊尚元開著吉普車與鄒明一起巡視礦區，檢查武裝護礦的情況。煉廠是敵人預謀破壞的重點，在四臺煉廠周圍到處都是武裝員工站崗警戒，而此時煉廠仍在堅持生產，這令熊尚元非常欣慰。午夜后，他們還不放心，熊尚元便將車開到鄒明家，與鄒明和衣相坐直到天明。
1949年9月25日，解放軍裝甲戰車開進礦區，玉門油礦完整地回到人民的懷抱。
 
        首任北京石油設計院院長
        熊尚元以滿腔的熱忱投入新中國的建設，領導煉油廠員工完成了達布斯裂煉裝置的后續配套改造工程，使成品油的產量成倍增長，有力地支援了新中國經濟恢復期的建設，被        提拔任命為玉門油礦局副局長。由于他的貢獻和學術水平，1954年9月當選為我國第一屆全國人民代表大會代表，并在二、三屆連續當選。

        1953年3月，燃料部石油管理總局成立專事煉油設計的石油設計局，熊尚元被任命為副局長兼總工程師。設計局的成立標志著我國煉油現代化又邁上了新的臺階。熊尚元領導設計局最出色的工作是為石油六廠設計建設合成甲苯車間和中壓合成油試驗車間。此設計雖已有實驗室成果，但如何放大進行工業化生產，沒有任何借鑒的經驗。熊尚元帶領設計人員到大連參加中型試驗，熟悉相應的工藝過程，依靠自己的力量獨立自主地完成了設計任務

        1956年，石油部成立后設立設計管理局，下屬四個設計院，熊尚元被任命為技術力量最為雄厚的北京設計院院長。上世紀五六十年代以大慶油田發現為標志，成為我國石油工業高速發展的第一個黃金時期，大型煉油廠雨后春筍般在祖國大地拔地而起，因此大江南北都留下了熊尚元和北京設計院技術人員的身影。

        熊尚元開拓性的貢獻是主導了我國煉油設計標準的制定。我國煉油工業現代化是從新中國成立后開始實施的，煉油設計則是參考前蘇聯的標準。熊尚元擔任北京設計院院長后，便思考編制我們自己的設計標準。熊尚元留學美國，深諳世界最先進石油大國的標準，同時又因多年參照執行石油大國前蘇聯的標準，使他對蘇美的標準都熟悉，因而他的知識深度和廣度在當時的國內技術人員中是少有人能超越他的。經過大慶會戰及多座煉油廠的建造和煉油新技術的突破，他開始帶領設計院的同行，借鑒前蘇聯和參考外國石油公司標準，以適合中國煉油工業為準則編制部頒標準。煉油標準的制定是隨著煉油工業的發展不斷修改豐富的，但我國這項工作的開啟者是熊尚元。

        熊尚元帶領北京設計院參加了我國第一個石油大發展時期每一座大型煉油廠的建設設計，但最令人難忘的是參加大慶會戰的經歷。

        1960年，大慶會戰的油井開始采油，因為國家迫切需要油品，在對大慶原油還沒有全面掌握的情況下，便在大連石油七廠進行試煉，煉制過程中由于原油含蠟量高，幾乎在所有工藝流程中都出現問題，事故頻繁。石油部組織會戰攻關小組，熊尚元帶領北京設計院技術人員參加會戰，經過50天的攻關完美解決了大慶原油煉制問題，也為大慶煉廠的建設提供了實踐的經驗。

        大慶會戰僅兩年，原油產量已達270余萬噸，石油部決定在大慶建設大型煉油廠，一期工程100萬噸原油加工能力，設計任務交給北京設計院。當時的困難是，前蘇聯專家全部撤出，我們設計大型煉油廠全無經驗，而且由于時間緊，對大慶原油的評價工作還沒有完成，需要設計人員自己動手調查研究。獨立自主建設中國人自己的大型煉廠是熊尚元和所有技術人員的理想，困難雖然難以想象，但熊尚元和設計院的科技人員懷著強烈的愛國主義精神，義不容辭地接受了設計任務。設計組開到現場連續苦戰四個月拿出初步設計方案，1961年上半年完成一期工程設計。到1962年初，完成了大部施工圖。1962年4月，設計院大批設計人員抵達現場，一邊完成施工圖設計，一邊配合施工，邊設計邊施工，極大地加速了煉廠的建設。

        1963年底，一期工程設計剛剛結束，北京設計院又提出接受二期工程150萬噸原油加工能力的設計任務。在熊尚元的領導下，二期工程設計打破前蘇聯的設計程式，根據實際創新我們自己的設計格局，提前完成了設計任務。1964年冬，一期工程建成投產；1965年，二期工程全面建成投產。

        大慶煉油廠是完全依靠我國自己的技術力量設計、建設的第一座大型煉油廠，具有開創性的意義，從此，中國人建設煉油廠走上了坦途。熊尚元的名字和這個杰出的工程連在一起。

        1965年9月，熊尚元調到大連石油七廠，先后擔任副廠長、副總工程師。不久，文化大革命爆發，熊尚元深陷江青誣陷的“資源委員會潛伏特務案”中，失去了自由。文革結束后平反，他已垂垂老矣。他逝世后，中國石油報發訃告，對他在石油七廠的工作只寫道：“在大連石油七參加了遼陽化纖廠設計資料的翻譯和《英漢石油大辭典》煉制部分的編寫工作。”在他93歲時，筆者到他大連窄仄的家中拜訪，他依然樂觀。

        2007年12月12日14時，熊尚元在大連逝世，享年96歲。